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バイオ分子相互作用シミュレータMIZUHO/BioStation 機能

機能一覧

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機能 概要
FMO法

FMO2法, FMO3法、FMO4法

エネルギー計算

HF法, MP2法, LMP2法, MP3法

エネルギー勾配

HF法, MP2法

基底関数

STO-3G,および6-31G基底系、モデルコアポテンシャル (MCP)

構造最適化

BFGS法,CG法,PRCG法,部分構造最適化

population解析

Mulliken電荷,NBO電荷

BSSE補正

Counterpoise法

IFIE解析

フラグメント間の相互作用エネルギーを定量的に解析(FMO4法に対応)

PIEDA解析

IFIEを4つのエネルギー成分(静電項、交換反発項、電荷移動項、分散項)に分解した解析

IFIE map

IFIEの2次元マップによる二体相互作用の網羅的解析

VISCANA

相互作用パターンの階層的クラスター解析によるリガンド類似性の抽出

CAFI

軌道レベルの電荷移動・分極相互作用解析

FILM

軌道レベルの分散相互作用解析(CH/π, π/π相互作用等)

CHPI

CH/π相互作用を解析・可視化

グリッドデータ解析

電子密度、静電ポテンシャル、分子軌道、電場ベクトル

動作環境

(1)MIZUHO/ABINIT-MP

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マシン環境

CPU: Intel® Xeon® 2.0GHz (相当)
4コア以上(16コア以上を推奨)

メモリ:16GB以上
(1コア当たり4GB以上推奨)

HDD空き容量:10GB以上

OS

Linux (64bit版)、Windows® XP/7(64bit版)

その他ライブラリ

OpenMPI、Intel compiler (Math Kernel Library 付属のver. 11.0以上)が必須

(2)MIZUHO/BioStation Viewer

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マシン環境

CPU:Pentium®IV 2.0GHz(相当)以上

メモリ:1GB以上

HDD空き容量:100MB以上

グラフィックボード:VRAM256MB以上

OS

Windows® XP/7

  • *上記は推奨動作環境の一例です。
  • *「BioStation」、「ABINIT-MP」は、国立大学法人東京大学の登録商標です。
  • *Windows®は米国Microsoft Corporationの米国およびその他の国における登録商標または商標です。
  • *その他記載の製品、サービス名は、各社の登録商標または商標です。