Quality control解析
実験データの性質を把握するためにデータを可視化し、実験データのバイアスやラベルのつけ間違いがないか等のチェックを実施します。下記の例ではヒストグラムを用いたデータの分布の確認と、データの正規化、主成分分析によるバイアスの確認を行っています。主成分分析では第一主成分（PC1）で細胞種（cell line）に依らずcontrol（対照群）とtreatment（処理群）が分かれています。
更にパスウェイ変動解析に向けた化学物質名称の修正等も必要に応じて実施します。
例：メタボロームデータ分布と正規化
例：主成分分析によるデータの可視化
パスウェイ変動解析
2群間のデータに対してパスウェイ単位で有意差を評価します。データの妥当性の確認や考察のために解析結果には関連する遺伝子セットの説明やリンク等もまとめてスプレッドシート形式で整理していきます。各パスウェイがup/down-regulatedしたかを判断するために、個々の代謝物量のボックスプロット一覧表も提供します。
Metabolite Set Enrichment Analysis (MSEA)*を用いた解析：上位のエンリッチドパスウェイ
Metabolite Set Enrichment Analysis (MSEA)*を用いた解析例：解析結果の集計例
Metabolite Set Enrichment Analysis (MSEA)*に入力した代謝物毎の測定量のボックスプロット
- *Xia, Jianguo, and David S. Wishart., Nucleic acids research 38. suppl_2 (2010): W71-W77