生体親和材料とペプチドの相互作用解析

歯や骨の主成分として知られるハイドロキシアパタイト（HA）とタンパク質との親和性を解析しました。

インシリコ創薬を指向したエストロゲン受容体のリガンド結合性予測

乳がんや骨粗しょう症のターゲットタンパク質であるエストロゲン受容体を例にして、インシリコ創薬スクリーニングへのFMO量子化学計算の適用可能性を探りました。

エストロゲン受容体―リガンド相互作用解析

エストロゲン受容体とリガンドとの相互作用について、高精度量子化学計算による相互作用解析を行いました。リガンドと各アミノ酸残基との相互作用エネルギー、電荷移動相互作用、分散相互作用の描像が明らかになりました。

転写因子とDNAとの相互作用解析

遺伝子の転写を制御するタンパク質とDNAとの特異的分子認識に関して、FMO量子化学計算により、配列特異的な相互作用メカニズムを明らかにしました。IFIE mapによる網羅的な相互作用解析も行っています。

EGFRチロシンキナーゼ阻害剤のドッキング構造、結合エネルギー解析

肺がんの分子標的薬である、チロシンキナーゼ阻害剤の候補化合物に対して、FMO量子化学計算を行い、ドッキング計算と結合エネルギー解析を行いました。

インフルエンザウイルスタンパク質とタミフルとの相互作用解析

インフルエンザウイルスの膜表面タンパク質とタミフルとの相互作用について、FMO量子化学計算を行い、タミフルと周辺アミノ酸残との相互作用や薬剤耐性ウイルスとの相互作用の解析を行っています。

インフルエンザウイルスの抗原抗体反応とウイルス変異予測

インフルエンザウイルスの膜表面タンパク質とFab抗体との抗原抗体反応について、FMO量子化学計算による相互作用解析の観点から、ウイルス変異予測を行いました。

新型インフルエンザウイルスのワクチン開発のための量子化学計算

新型インフルエンザウイルス2009H1N1/pdmのシアル酸認識に関するFMO量子化学計算を行い、特定のアミノ酸変異によって過去のウイルスよりも受容体との結合が強くなることを示しました。

シリコン酸化膜表面とアミノ酸との相互作用解析

生体とインプラントとの相互作用の理解のため、シリコン酸化膜表面とアミノ酸の相互作用を密度汎関数法を用いて解析しました。

水中の構造揺らぎを考慮したタンパク質の相互作用解析

タンパク質とリガンドとの相互作用解析において、水中でのタンパク質の構造揺らぎの影響を考慮することが望ましいと考えられます。小規模なタンパク質TrpCageを用いて、古典分子動力学計算とFMO量子化学計算を組み合わせた解析を行いました。